Wat het probleem bij jou veroorzaakt weet ik zo niet, maar ik kan wel uitleggen waar die jumper voor is.
Als je meerdere Mega's aansluit op een I2C bus, dan kan er een conflict ontstaan omdat er opeens meerdere RTC's op die bus zitten. Resultaat zal onvoorspelbaar zijn. Hiervoor is die jumper, je kunt dan de RTC van de bus afkoppelen.